新水污染防治法對“行政代履行制度”的規定部分解決了長期制約環境試驗設備監察執法的行政強制權缺位問題，有利于督促違法者盡快改正環境違法行為。而“行政拘留”和“雙罰制”作為環境執法手段在新法中的適用，則既是對現行環境保護立法的突破，又是對我國現行環境執法手段的創新。然而，這些有利于環境監察執法的規定也從隊伍、裝備、執法程序、處罰保障等方面，對環境監察機構提出了更高的要求。
水污染防治法的修訂和實施在我國環境保護產法體系中肯有標本價值，不僅折射出我國環境試驗設備保護立法發展的方向，也必將從各個方面影響我國環境試驗設備監察執法機構的建設，促進環境監察執法工作的不斷深入開展，解決制約環境試驗設備監察執法工作的各種束縛。
建立了許多利于環境執法的新制度加大了政府對水環境負責的力度，規定了目標責任制和考核評價制度。也就是說，水污染防治不再僅是環保部門的工作，而且是政府的工作，水環境保護對政府工作具有一票否決權。這也是“十一五”規劃和黨的十七大關于環保工作的精神在法律修改中的具體體現。
實行排污許可制度，需要對每一個被許可對象的排污種類和數量進行連續準確的監測，以確定其排污數量是否符合排污許可證的規定。從必要性和可行性考慮，其適用對象應是排污量較大的企業事業單位。個體工商戶數量龐大，但排污量所占比例較小，主要應按照污染物排放標準進行監督檢查；將其納入排污許可范圍，由環保部門逐一核定并藍續監測其排污數量，實際中難以做到。此外，油類、酸液、堿液或者劇毒廢液，未經消毒處理的含病原體的污水以及含高放射性或者中放射性物質的廢水等，禁止向水體排放，不屬于許可的問題。
因此新法規定，直接或者間接向水體排放工業廢水和醫療污水以及其他按照規定應當取得排污許可證方可排放的廢水、污水的企業事業單位，應當取得排污許可證。排污許可證是環境監察執法機構現場執法的重要依據，環境試驗設備監察執法機構在現場檢查時就應當注意區別哪些企業需要許可，哪些企業不需要許可，并將企業是否按照排污許可證排污作為檢查的重點內容。
明確了區域限批制度。以前，區域限批只是作為一種行政措施予以運用，修改后的水污染防治法使區域限批有了明確的法律依據，有利于遏制區域性的嚴重環境違法行為。根據新修改的水污染防治法，對超過重點水污染物排放總量控制指標的地區，有關人民政府環境試驗設備保護主管部門應當暫停審批新增重點水污染物排放總量的建設項目的環境試驗設備影響評價文件。今后，環境試驗設備監察執法部門應當加強對企業排污的日常監管，督促其落實排污總量控制和區域限批的各項要求，并對限批地區的建設項目進行日常監管，及時發現并移送未批先建的違法案件。
嚴格排污口規范化管理，對暗管偷排嚴厲禁止。修改后的水污染防治法規定，向水體排放污染物的企業事業單位和個體工商戶，應當按照法律、行政法規和國務院環境保護主管部門的規定設置排污口；重點排污單位應當安裝水污染物排放自動監測設備，與環境試驗設備保護主管部門的監控設備聯網，并保證監測設備正常運行。排放工業廢水的企業，應當對其所排放的工業廢水進行監測，并保存原始監測記錄。
環境應急監管權。修改后的水污染防治法賦予了環保部門環境試驗設備應急監管權，新法規定，企業事業單位有下列行為之一的，由縣級以上人民政府環境試驗設備保護主管部門責令改正；情節嚴重的，處二萬元以上十萬元以下的罰款：一是不按照規定制定水污染事故應急方案的；二是水污染事故發生后，未及時啟動水污染事故應急方案、采取有關應急措施的。
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